Inició la organización de la Dirección de Inteligencia Nacional (DINA). El 12 de noviembre de 1973 la Junta de Gobierno lo designó oficialmente a cargo de este departamento. Contreras ejerció el mando de la DINA durante toda su existencia, enfocándose hacia una persecución nacional e internacional en contra de los opositores políticos de la dictadura de Pinochet, particularmente a los miembros de los partidos Comunista y Socialista y del MIR. Más de mil quinientas muertes se endosan a la DINA bajo la dirección de Contreras, según el informe de la Comisión Verdad y Reconciliación. La DINA es disuelta en el mes de agosto de 1977 y es sustituida por la Central Nacional de Informaciones (CNI) El caso Letelier puso a Contreras en la cárcel en 1995 ya que fue condenado a 7 años de prisión por homicidio y uso de pasaportes falsos. El 28 de febrero de 2005 Contreras ingresa la cárcel Cordillera para cumplir su condena de 12 años por el secuestro calificado del militante del MIR Miguel Ángel Sandoval.